中醫藥科學研究是中國中醫科學院的中心任務，50年來，中國中醫科學院在中醫藥基礎理論研究和重大疾病防治及中藥新藥開發研究等方面均取得了顯著成就。截止2004年底，全院共獲得科研成果近900項，其中獲國家級、部局級獎近300項；現有院級以上在研課題482項，其中國家級課題200項、部局級課題258項；擁有國家新藥（中藥）臨床試驗研究中心（GCP）、國家規范化中藥藥理實驗室、中國中醫藥文獻檢索中心和BSL－3實驗室，是國家中藥安全性評價中心（GLP）與中藥復方藥物開發國家工程研究中心建設單位。

    中國中醫科學院充分發揮中醫醫療的優勢和特色，為廣大患者提供良好的服務，現有病床1500多張。附屬西苑醫院、廣安門醫院是全國三級甲等中醫醫院和全國示范中醫醫院。望京醫院是以骨傷科為主的綜合性三級甲等中醫醫院，眼科醫院是以中醫眼科為特色的專科醫院。各附屬醫院在腫瘤、心腦血管病、老年病、糖尿病以及肛腸、皮膚、泌尿等各科疾病及多種常見病、多發病和疑難重癥的治療方面，具有豐富的經驗和獨特的療效，在國內外有較高的聲譽。

    中國中醫科學院是培養高層次中醫藥人才的重要基地，現有中醫學、中藥學、中西醫結合三個一級學科所涵蓋的所有學科專業的博士、碩士授予權，具有臨床醫學專業學位授予和在職人員申請學位的資質；設有中西醫結合、中醫學、中藥學三個一級學科的博士后工作站�！≈袊�中醫科學院圖書館是全國藏書最多的中醫藥專業圖書館，其中珍本、善本、孤本書籍2萬余冊。中國醫史博物館是中國收藏文物最多的中醫專業博物館，收藏文物3000余件。

    中國中醫科學院主辦多種全國性的中醫藥專業期刊，其中在國內外影響較大的有《中醫雜志》、《中國中西醫結合雜志》、《中國中藥雜志》、《中國針灸》、《針刺研究》、《中國骨傷》、《中華醫史雜志》、《中國中醫藥信息雜志》、《中國中醫基礎醫學雜志》等。

    作為中國傳統醫藥對外合作與交流的重要窗口，中國中醫科學院與世界上100多個國家和地區的醫藥界、科研院所、高等院校、企業及民間團體有廣泛友好的聯系與交流，在國際傳統醫學界有較大的影響。